食の安心・安全を考える時、切り離すことができないのが農。コープ自然派は、食の安心・安全と農業を次の世代へとつないでいくために「国産派宣言」を掲げています。さらに、「誰もが有機農産物を作り、食べられる社会」をめざして、有機農業や生物多様性農業を行う生産者との産直を広げ、高品質・多収穫を実現する有機農業者の育成にも取り組んでいます。

「安全性に疑いのある食品添加物は使用しない」「必要のない食品添加物は使用しない」とする食品添加物の自主基準を設け、素材本来の味わいを生かすことを大切にした商品づくりを行っています。また商品に使用されている原材料は商品案内（カタログ）に表示 ※。
組合員さんご自身でも確認しながら選んでお買いものができるようにもなっています。 ※一部商品を除く

組合員さんご自身が毎日食べるものを「選べる」ように原材料をはじめ、青果の産地や水産品の漁獲水域を商品案内（カタログ）に表示。また、安心・安全な食づくりに取り組む生産者を支持し、持続可能な食・農・環境を広げるためにコープ自然派では「遺伝子組み換え作物」・「農薬」の使用状況や「オーガニック原料」の使用割合をマークにして商品案内（カタログ）に掲載しています。

「子どもを放射能被害から守る」立場をとり、「内部被ばくにおいてはしきい値※はない」として徹底した放射性物質検査を行い、検査結果をすべて公開（商品案内と一緒に配付。ホームページでも公開）。また、安心して水産品をご利用いただくため、水産品は出荷前検査を含む事前サンプリング検査を行い、測定結果をお知らせしています。
※影響がある・ない境界の値

川や海を守るためにまずできることは水をきれいに使うこと。洗濯や台所ではもちろん、シャンプーや歯磨きにいたるまで、せっけんで肌にも環境にもやさしい暮らしを提案しています。また、ひとたび事故を起こせば大きな被害を及す原発。コープ自然派はその前身である共同購入会時代から、原発に反対する運動を続け、「原発のない社会」をめざしています。